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瑞金医院现有国家教育部重点学科4个（血液病学、内分泌与代谢病学、心血管病学、神经病学）。因此瑞金医院较擅长的科室有血液科、烧伤科、内分泌科、肾脏科、消化科、感染科，在治疗心血管病、皮肤病、肝胆胰脾乳腺等外科手术方面备受好评。
白血病是一类造血干-细胞恶性克隆性疾病。克隆性白血病细胞因为增殖失控、分化障碍、凋亡受阻等机制在骨髓和其他造血组织中大量增殖累积，并浸润其他非造血组织和器官，同时抑制正常造血功能。临床可见不同程度的贫血、出血、感染发热以及肝、脾、淋巴结肿大和骨骼疼痛。
上海血液学研究所坐落于上海交通大学医学院附属瑞金医院内。90年代，瑞金医院在白血病分子生物学研究和临床医疗领域取得了重大进展，急性早幼粒白血病治疗的“上海方案”已成为规范治疗手段。上海市血液内科临床医学中心是国家教育部211工程重点学科，在白血病和血栓与出血性疾病的诊断和治疗等方面具有较高水平。
