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1.脊柱外科：脊柱外科历经数辈人不懈努力，目前是骨科乃至全院规模很大的科室，也是国内这一专业的领头羊。形成了颈椎病、腰椎间盘突出症、腰椎管狭窄症、韧带骨化疾病、脊柱畸形（上颈椎畸形、青少年特发性脊柱侧弯、颈椎后突畸形、腰椎退变性侧弯）、脊柱结核、脊柱微创手术等多方面的医疗特色，均达到了世界优等水平。
2.泌尿外科： 长征泌尿外科曾经在肾移植方面在国内享有盛誉，创造多个“国内前列”。经过几十年的发展，科室目前专业上以微创技术为引领，在泌尿系肿瘤、 、结石和机器人外科技术方面已形成鲜明特色。肾癌是长征泌尿外科的优势病种，手术量长期居于上海申康单病种排名前列。
3.神经外科：下设神外一科和神外二科2个亚学科，设有神经外科门诊、神经外科急诊、病房、NICU、神经介入中心、内镜颅底外科中心、颅神经疾病诊疗中心、脊髓脊柱中心、实验研究中心和神经康复中心等部门，是上海市神经外科研究所和中国人民 神经外科研究所所在单位。在颅脑创伤、颅内肿瘤、脑血管病和功能神经外科等方面取得了丰硕的成果，形成了稳定的学术发展方向，整体上达国内先进水平，部分领域达国际领跑和国内领跑水平。
4.器官移植：器官移植中心于2003年初由泌尿外科肾移植组与普通外科肝移植组合并而成，开设有肝移植、肾移植、肝脏外科、胰岛移植门诊。设有组织配型、器官保存、动物实验、移植免疫、移植病理、胰岛移植等6个实验室。
5.风湿免疫科：长征医院风湿免疫科创建于2002年。学科经过10余年的建设，已迅速发展成为我国风湿免疫病疑难杂症专病中心之一， 很大规模的强直性脊柱炎专病中心。以类风湿关节炎、强直性脊柱炎、系统性红斑狼疮等常见风湿病为诊治和研究重点，同时开展其它多种常见和罕见风湿免疫病的诊疗，包括干燥综合征、系统性硬化、多发性肌炎皮肌炎、成人still病、系统性血管炎、血清阴性脊柱管疾病、痛风、骨质疏松、骨关节炎等。
