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1.消化内科
长海医院消化内科成立于1976年，以“消化疾病内镜诊治、胰腺疾病基础与临床研究、胃肠动力障碍疾病诊治、胃肠道早期肿瘤微创诊治、军事应激胃肠病防治”为学科特色，是一个集医疗、教学、科研为一体的专业化科室。
2.泌尿外科
长海医院泌尿外科是新中国成立后的前列批泌尿外科专业学科，拥有２000余平方米的微创泌尿外科培训中心，包括独立的内镜模拟训练室、5间一体化手术室、尿流动力学检查室、腔内超声检查室、X线造影检查室等，是国内很大的微创泌尿外科培训基地之一。学科在前列腺癌的早期诊断、治疗手术以及综合治疗方面处于国际领跑水平，在泌尿系结石微创治疗，肾癌、膀胱癌的微创手术治疗以及肾移植、 疾病的诊治等领域处于国内领跑水平。
3.心血管外科
长海医院胸心外科创建于1951年，是我国成立胸心外科专业较早的单位之一。医疗特色：
（1）心脏瓣膜病外科治疗；（2）冠心病的外科治疗；（3）胸主动脉瘤外科治疗；（4）瓣膜病微创介入治疗；（5）心力衰竭与心脏移植。
4.烧伤科
长海医院烧伤科是国家重点学科，上海市医学领跑专业重点学科、上海市烧伤急救中心，全军烧伤研究所和全军休克与器官损伤防治重点实验室。是国内集医教研为一体、综合规模很大和条件较完善的烧创伤基地之一。近年来本中心在创面修复、重症医学及多发伤和复合伤救治等领域形成新的医疗特色。同时开展以点阵激光系列为特色的瘢痕系统治疗取得良好效果。
5.胰腺外科
长海医院胰腺外科专业组成立于1989年，是国内较早成立的胰腺专业组之一，以“癌中之强者”—胰腺恶性肿瘤的外科治疗为临床特色和主攻方向，兼顾急慢性胰腺炎、肝胆及壶腹周围肿瘤、门脉高压症、后腹膜肿瘤、腹部疑难疾病的外科治疗等，形成了以手术治疗为主、包括微创手术、精细准确医学、肿瘤多学科合作治疗的学科特色。
