上海交通大学医学院附属新华医院小儿感染科是全国为数不多的独立运行的儿童感染科，目前科室拥有医生12人，其中高级职称5人。目前小儿感染科由一个病区（21张床位）、两个专科门诊（感染专科门诊和手足口病专科门诊）和一个临床研究基地组成。小儿感染科的临床研究基地以感染性疾病病原的精准检测为特色，在传统的细菌培养基础上，开展了多种新型快速精准病原的综合检测，组织了多学科疑难感染MDT，大大提高了新华儿科的感染性疾病的诊治水平。

小儿感染科以脓毒血症、小儿肝病、EB病毒感染、不明原因发热以及其他各系统的感染为特色病种，小儿肝脏穿刺活检为重点操作，以病人为中心，急病人所急的理念，积极收治华东地区乃至全国多家医院转诊的各类疑难感染性病人。

近年来，小儿感染科在反复呼吸道感染，手足口病，新生儿黄疸、婴儿肝炎综合征等方面发表SCI论文十余篇，很高影响因子达9.3分，先后主持国家自然基金面上项目等8项课题，应邀访问新加坡国立大学、美国杜克大学和美国北卡大学等，多次在国际会议上发言。