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PETCT检查的辐射来源于PET和CT。PET的辐射来源于PET显影剂放射性核素（注射剂量根据体重计算）。全身PET扫描有效剂量约是《辐射防护规定》中一次应急照射限值（100mSv）的十分之一，远低于发生非随机辐射损害的阈值。CT的辐射与CT的扫描模式有关，PETCT多配置智能低剂量扫描模式，扫描的辐射剂量大大降低。
放射性射线可有效在设备上呈现影像学特征，为临床诊断提供依据。放射性射线使用到的放射性标记元素，其生物半衰期很短，在人体代谢的时间并不长。18F-FDG 进入人体后，除了通过放射性核素本身的物理半衰期衰变外，主要通过尿液排出体外。
PETCT 示踪剂的半衰期非常短，只有2小时。也就是说，检查结束后，体内的放射性核素就减少一半。正常人基本上一天之后，就可以完全将体内的放射性物质全部代谢出来。因此，在病情需要的前提下，进行PETCT检查是安全的。
