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上海东方肝胆外科医院麻醉科组建于1996年，在肝胆患者的麻醉与围术期处理及疼痛管理等方面形成的系统理论与经验已经成为我国肝胆麻醉的指导常规。吸入麻醉、过激性炎症的基因治疗、黄疸患者麻醉的基础与临床研究和癌痛机制与基因治疗等研究水平已达国际水平。共发表论文103篇，SCI收录7篇。承担国家自然科学基金6项、上海市课题4项、军队课题1项，共获科研基金150多万元。获国家科技进步二等奖1项、军队科技进步三、军队科技进步二等奖1项等奖3项。另获“总后科技新星”、“上海市卫生局早批新长征突击队”、“共青团号”、“全国十佳麻醉医师”、“上海市科技启明星”、“上海市银蛇奖”等多项奖励。
上海东方肝胆外科医院综合治疗一科组建于1999年，展开床位42张。科室主要从事肝胆外科疾病的诊断及外科治疗，在肝癌的抗复发提高疗效方面有专业特色，对于其它复杂性肝脏疾病及胆管、胰腺等脏器的外科治疗也有着丰富的经验。善于于肝脏巨大肿瘤、合并门脉癌栓的肝癌、肝癌合并门脉高压症的同步化治疗、复杂和特殊位置肝癌的手术治疗等。近些年来，开展了一系列肝癌的微创治疗，深入研究了各类抗复发的综合治疗措施如免疫治疗、小剂量口服化疗、抗病毒治疗等。连续六年荣被评为学校“基层建设先进单位”。
上海东方肝胆外科医院综合治疗二科组建于2000年，展开床位42张，现每年收治肝胆疾病病人近千例，学科在肝胆疾病临床与基础研究方面有较高水准，并有一定影响。获多项国家及上海市科研基金。培养硕士、博士10余名，科室屡次被评为学校、医院“先进科室”、“基层建设先进单位”和“先进党支部”等荣誉称号。
上海东方肝胆外科医院综合治疗三科组建于2000年，展开床位42张。科室以肠胃道肿瘤、消化道肿瘤肝转移的手术及综合治疗、肝癌、门脉癌栓的研究为主要特色。科室成立以来，获得上海市科技进步二等奖两项、上海市科技进步三等奖一项、上海市医学科技二等奖一项、拥有国家发明专利两项。2004年被评为学校“基层建设先进单位”，2006年被评为院“先进党支部”。
上海东方肝胆外科医院腹腔镜科组建于1996年，1997年成为硕士学位授权点。现展开床位42张，在国内较早开展腹腔镜微创手术，如胆囊切除术、肝囊肿开窗引流术、肝外伤修补和肝肿瘤切除手术等。手术成功率高，并发病发生率低，居国内先进水平。年均收治患者近千例，完成各类手术近800例。获得军队医疗成果一等奖1项，军队科技进步三等奖等各类奖项7项。科室目前承担国家、军队及校外合作课题多项，建科以来发表科研论文70余篇，其中护理论文10余篇。
上海东方肝胆外科医院胆管一科组建于1996年，展开床位43张。科室特色为复杂疑难胆管疾病的外科治疗和终末期肝胆系统疾病的肝移植治疗。先后获军队科技进步二等奖1项，军队科技进步3等奖、上海市科技进步三、上海市医学科技三等奖等奖4项，上海市科委重点基金、上海市自然科学基金共4项。几年来，先后发表文章80篇。
胆管二科组建于2000年，现设病床43张，主要从事肝胆外科疾病的诊治，尤其是原发性肝癌、肝胆系统良、恶性外科疾病的诊断和手术治疗。2002年底以来，已累计完成肝移植手术193例，其中活体供肝肝脏移植3例，均取得良好疗效。先后完成国家自然科学基金项目和上海市卫生局、科委等重大课题多项。2004年获军队医疗成果二等奖、上海市科技进步二等奖和上海市医学科技一等奖。2002年，被上海市授予“军民共建社会主义精神文明先进集体”称号。
上海东方肝胆外科医院肝外一科组建于2000年，目前可展开病床42张。特色为疑难肝胆疾病的外科治疗，可完成肝移植、第二、邻近第一、胆囊癌治疗术、胰十二指肠切除术、脾切除门奇断流术、第三肝门的巨大肝癌和复杂肝癌的切除和高位肝门胆道癌等，肝癌的平均手术后生存期达到国内外先进水平。新近开展的肝切除+开窗引流治疗成人多囊肝病、手术前无水酒精瘤内注射预防肝癌手术后复发、体内伽玛刀等，技术先进，疗效显著。近5年来共发表学术论文60余篇，参编著作7部，获国家和军队医疗成果奖3项。
上海东方肝胆外科医院肝外二科组建于1996年，展开床位42张。以肝脏外科、胆管外科、胰腺外科手术及门脉高压症疾病治疗为主要研究方向，已形成肝胆胰脾外科特色。建科以来已完成各类手术600多例，其中肝脏肿瘤手术400余例，各类胆管、胰腺及门脉高压症手术200余例。近5年来在国内外核心期刊发表论文30余篇。先后2次被评为第二军医大学“基层建设先进单位”，3次评为医院“先进科室”。
上海东方肝胆外科医院肝外三科组建于2000年，展开床位42张。以复杂疑难肝脏肿瘤（巨大肝海绵状血管瘤、巨大肝癌、肝尾叶肿瘤及小儿肝肿瘤）的切除为特色，开展了区域性肝血流阻断技术﹑家族性肝癌基因以及逆行肝切除等研究。先后获国家科技进步奖、军队医疗成果奖、军队科技进步奖和上海市科技进步奖各1项，军队医疗成果奖3项。全科以第一作者发表的论文达120余篇，参编学术论著17部。先后荣立集体三等功、大学“基层建设标兵单位”、院“先进党支部”各2次，被评为“基层建设示范单位”和“学习贯彻三个代表重要思想先进单位”各1次。
上海东方肝胆外科医院特需治疗科组建于2000年，其前身是外宾诊疗科，分为特需一科、特需二科、肝脏移植科，展开床位72张， 年平均收治入院600余人次，手术200余例。主要负责世界各地华侨、港澳台同胞、外籍友人以及国内、军内各级干部的诊治工作，主要收治肝胆外科各类疾病及终末期肝病需行肝移植的病人。获国家科技进步二等奖2项、三、军队科技进步和医疗成果二等奖11项。先后荣立集体三等功2次，屡次被评为学校“基层建设先进单位”和“先进党支部”、1次被评为“先进护理组”。先后被评为“上海市文明规范服务示范窗口”、“文明服务先进单位”和“卫生系统先进文明班组”。
上海东方肝胆外科医院肿瘤综合治疗科组建于2001年，展开床位30张。科室主要从事肝脏外科疾患的诊治及研究，采用综合治疗的方法明显提高了肝癌的疗效。特别在肝脏巨大海绵状血管瘤的手术治疗方面有较深入的研究，此项研究获军队医疗成果一等奖。“少花钱，治好病”、“需要有百分之一的希望就尽百分之百的努力”、“患者的利益是第一位的”等是该科一贯奉行的宗旨，科药费比率明显低于一般水平。2004、2005年评为学校和医院“基层建设先进单位”。
上海东方肝胆外科医院中西医结合科组建于2000年，现有病床41张。科室发挥中西医结合特长，综合运用手术、介入、放疗、化疗和中医药治疗原发性肝癌及其它消化道肿瘤。对多种原因引起的阻塞性黄疸能采用内窥镜治疗，并对各种慢性肝炎、肝硬化和上消化道出血进行中西医治疗。运用独特的二十五音分析仪检查和治疗肿瘤、失眠、胆石症、肥胖症、肝病和消化不良等。全科发表医学论文20余篇，专著7部，获国家发明专利1项。
上海东方肝胆外科医院放射介入一科组建于2000年，展开床位41张。该科以肝胆疾病外科手术和放射介入治疗为主，在原发性肝癌、恶性梗阻性黄疸、门静脉高压等疾病的介入治疗方面具有丰富的临床经验。现已累计完成肝癌经导管肝动脉化疗栓塞治疗5000余例次，小肝癌无水酒精注射治疗700余例次，经皮肝穿刺胆管引流术300余例次，在全院率先开展了多项新技术新疗法。先后获省部级科技进步二等奖1项，军队医疗成果三等奖2项，军队科技进步三等奖1项，在核心期刊发表论文40余篇，参编专著6部。2005年被评为学校“基层建设先进单位”。
上海东方肝胆外科医院放射介入二科组建于1997年，展开床位41张。主要开展了对原发性肝癌进行TACE（肝动脉化疗栓塞）治疗及TACE结合PEI（无水酒精瘤内注射）双介入治疗，并开展了下腔静脉癌栓支架置入术、经皮肝穿刺门静脉化疗、经皮椎体成型术和经皮肝穿刺胆管支架置入术等治疗，已完成TACE治疗6600余例次。多年来发表论文20余篇，参与申报多项科研基金，并获军队医疗成果三等奖及广东省科学技术三等奖各1项，合作取得专利技术1项。
超声介入科组建于2002年，展开病床41张。科室紧跟国际肝胆的新的动态，开展目前国内外新的的微波、氬氦刀、激光、药物化疗和射频等新技术治疗原发和转移的小肝癌。手术小切口微创不必开腹，手术后恢复快是其特色。科室成立4年已行各种手术3500余例。获得军队医疗成果二等奖1项、三等奖2项、科研基金58万，发明专利3项，发表论文30余篇，参编专专著3部。
上海东方肝胆外科医院内镜科组建于1999年，可完成各类消化内镜的诊断与治疗工作，尤其在肝、胆、胰疾病的内镜诊疗方面积累了逾万例的经验，享誉国内外，是“中国消化内镜培训中心”。获得全国、军队及上海市医护成果奖8项，先后被评为上海市“文明示范单位”和“红旗文明岗”。
上海东方肝胆外科医院超声诊疗科组建于1996年，每年诊治全国各地病人四万余例，同时独立开展多项极具特色的超声介入治疗，如经皮肝穿刺肿瘤内注入无水酒精治疗小肝癌，经皮肝穿刺肝脓肿抽液，经皮肝穿刺肝囊肿抽液，经皮肝穿刺门静脉癌栓射频消融术等。目前，治疗人次数以万计，技术纯熟稳定，安全可靠，同时以其损伤轻微，费用低廉在肝脏疾病的治疗中具有不可取代的作用。近几年，引进了两台美国红杉树数字超声成像设备，确保了超声诊断和介入治疗的客观真实性和准确性。
上海东方肝胆外科医院影像诊疗科组建于1996年，形成了稳定的研究方向和明显的医疗特色，即以肝胆疾病影像诊断，肝恶性肿瘤介入治疗和放射治疗为较主要研究方向。已采用TACE介入技术治疗肝癌达2.9万余例次，是国内较早开展介入治疗肝癌的单位之一。多年来，全科人员以第一作者发表学术论文90余篇，编撰专著2部，获奖6项，其中获军队医疗成果二等奖2项，三等奖4项，承担各类科研基金项目4项。科室先后被评为学校“基层建设先进单位”和“先进党支部”和“基层建设标兵单位”，荣立集体三等功3次。
上海东方肝胆外科医院实验诊断科组建于1996年，承担医院的临床检验和输血工作，在肿瘤标志物和肝炎标志物检测方面使用目前国内外较为先进的全自动化学发光定量检测系统。主要科研特色为肝炎后肝纤维化及肝癌的发病机制及早期诊断研究，目前科室承担国家自然科学基金1项、上海市科委登山计划项目1项。有关TT病毒的研究获得军队医疗成果三等奖。屡次荣立集体三等功并被评为“基层建设先进单位”和“学习成才先进单位”。
药材科组建于1996年， 2000年在国内率先建立静脉药物配置中心，2003年在国内较早的一家引进口服制剂单剂量配方制。近些年来，牵头和参加 13 项基金，承担金额 101 万元。获国家科技进步二等奖、军队科技进步二等奖各1项，发表文章70 余篇，出版著作6 部。先后4次被评为学校“基层建设先进单位”，2004年度被学校评为“先进党支部”，2003、2004、2005年度连续三年被学校评为“先进团支部”。
上海东方肝胆外科医院病理科组建于2000年，从事肝胆肿瘤和肝脏移植病理诊断，以肝胆肿瘤基因组不稳定研究为研究特色，现已积累18000例以上大型肝胆肿瘤病理资料库，提出较为系统和完整的肝胆系统肿瘤组织分类，开展了早期小肝癌病理生物学特性的动物实验和临床研究。承担多项国家自然科学基金和上海市“百人计划” ，主编专著二部，发表论文100余篇。获得军队科技进步二等奖2项，上海医学科技一等奖和上海市科技进步一等奖各1项。
