医院座落在广州市中央商务区核心地带，毗邻天河区政府、天河公园、珠江新城，与琶洲会展中心隔江相望。紧靠科韵路、华南快速干线，临近黄埔大道和花城大道、临江大道，距地铁五号线-员村站现有80米，交通十分便利。

中山大学附属第六医院（广东省胃肠肛门医院），是一所集医疗、教学、科研、预防和康复保健等为一体的大专科强综合医院。医院为中山大学八家直属附属医院之一，与中大附属一院、二院、三院、五院、肿瘤医院、口腔医院、眼科中心等多所医院共享医疗资源。