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上海长海医院消化病科 全国排行第二
上海长海医院消化内科，成立于1976年，在各级党委的正确领导下，经过几代长海消化人的不懈努力，形成了“消化疾病内镜诊治、胰腺疾病基础与临床研究、胃肠动力障碍疾病诊治、胃肠道早期肿瘤微创诊治、军事应激胃肠病防治”为主的学科特色，集医疗、教学、科研为一体的专业化科室。
国际率先建立四项胰腺癌内镜诊疗新技术，提高胰腺癌患者的生存率和生存质量；国内率先提出内科治疗为主、多学科联合的重症急性胰腺炎“4M”综合救治模式；国内率先开展慢性胰腺炎P-ESWL术，形成了“药物→体外震波碎石→内镜→手术”的“MEES”治疗新模式；国内率先开展早期消化道肿瘤内镜微创治疗;国内较早开始炎症性肠病内镜及药物治疗。
成功研制我国首台小肠胶囊内镜，超越国外同类产品，72个国家3000余家单位应用100万余例;进一步研制成功世界首台遥控胶囊胃镜机器人，国内外400余家单位应用30万余例，减轻患者痛苦，有望成为胃癌筛查新方法；建立我国消化内镜质控标准和专业人才培训体系，为我国消化内镜技术普及和快速发展做出重要贡献。
上海长海医院烧伤科 全国排行第四
上海长海医院烧伤外科，是国家重点学科，上海市医学领跑专业重点学科、上海市烧伤急救中心，全军烧伤研究所和全军休克与器官损伤防治重点实验室。全国早批硕、博士学位授权点和博士后流动站。先后承担包括国家自然科学基金重点项目、国家科技支撑计划等国内课题30余项，获得包括国家科技进步一等奖在内高等级奖项20余项。
上海长海医院泌尿外科 全国排行第六
上海长海医院泌尿外科，是新中国成立后的前列批泌尿外科专业学科，1986年成为硕士学位授权学科，1993年成为博士学位授权学科和博士后流动站，2001年成为第二军医大学泌尿外科中心，2003年成立全军前列腺疾病研究所。
科室展开床位100余张，年门诊量100000余人次，年手术量4000余例次，拥有2000余平方米的微创泌尿外科培训中心，包括独立的内镜模拟训练室、5间一体化手术室、尿流动力学检查室、腔内超声检查室、X线造影检查室等，包括达芬奇(daVinci)手术机器人系统及多品牌先进内窥镜设备等在内的各类仪器设备总价值4000余万元，是国内很大的微创泌尿外科培训基地之一。
学科在前列腺癌的早期诊断、治疗手术以及综合治疗方面处于国际领跑水平，在泌尿系结石微创治疗，肾癌、膀胱癌的微创手术治疗以及肾移植、 疾病的诊治等领域处于国内领跑水平。相关诊疗技术成果曾获国家科技进步一等奖一项，国家科技进步二等奖一项，上海市科技进步一等奖、二等奖及军队医疗成果奖多项，科室曾两次荣立集体三等功，多次被评为先进党支部和先进科室，连续多年被总后勤部、学校评为“基层建设标兵”单位。
