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过去由于小肠解剖部位特点和检查设备的限制，小肠肿瘤的诊断曾是消化系疾病中的一个难点，随着新技术、新方法的发展，使得这一方面取得了巨大的突破。上海瑞金医院消化内科是国内较早引进双气囊小肠镜和胶囊内镜检查的医院之一，亦是全国开展该两项目较多、技术水平很高的医院，各地病人络绎不绝。
上消化道出血是肝硬化的严重并发症，也是肝硬化较常见的致死原因之一，病情凶险，病人往往在第一时间得不到有效的治疗。上海瑞金医院消化内科在吴云林教授的带领下，在国内率先开展并推广了内镜下食道静脉曲张的治疗，如内镜硬化剂治疗、皮圈结扎等，在国内赢得广泛的赞誉。
在基础研究方面，上海瑞金医院消化内科承担着国家自然科学基金、卫生部及上海市科委、上海市自然科学基金等众多研究项目，重点对胃癌调亡、多要耐药机制、化学预防、急性重症胰腺炎的发病机制及综合治疗进行实验研究，多项成果通过鉴定，并获市科技进步奖，并为临床前列治疗提供了可靠的理论基础。
上海瑞金医院消化内科现有床位50张，并设12张内镜治疗专业床位，开展20多项治疗项目，解决了大量病人的疑难杂症，在中国消化界中享有很高的声誉。
