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中医科采用中药治疗各种冠心病、心律失常、脑梗塞、脑动脉硬化、顽固性头痛、急慢性肾炎、泌尿系结石、 病、脾胃病、糖尿病以及心身疾病。运用针灸、理疗等方法治疗中风、偏瘫、风湿性关节炎、哮喘等疾病，开设针灸减肥门诊，为广大肥胖患者减轻痛苦。微电脑牵引仪治疗颈椎病、腰椎增生及腰椎间盘突出症，效果显著。
复旦大学附属儿科医院中医科成立于1956年，目前开设的专科专病门诊有性早熟门诊、少女妇科、肾病门诊、咳嗽门诊、胃炎门诊、中西医结合门诊、肥胖门诊以及针推外治门诊等。通过中医辨证施治，结合“飞针法”、耳穴贴压、冬病夏治三伏贴、冬病冬治三九贴、拔罐、小儿推拿、中药贴敷、等多种特色治疗方法调治小儿慢性咳嗽、咳嗽变异性哮喘、反复呼吸道感染、哮喘等中医“肺系”疾病。采用针刺、灸法、耳穴贴压、中药贴敷肚脐等方法治疗厌食、消化不良、慢性腹泻、便秘、遗尿、血管神经性头痛、面瘫、神经衰弱、睡眠障碍、以及多动症、抽动症等疾病。
复旦大学附属儿科医院中医科经历优良的名老中医的学术经验总结及后辈的经验传承和创新，逐渐形成了以中医肾系疾病为研究重点，中西医结合诊疗儿童性早熟、肥胖、矮小、呼吸系统疾病及疑难病症等优化诊疗模式。
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