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上海长海医院擅长耳鼻喉科、风湿免疫科、泌尿外科、烧伤科、病理科，上述科室对于相关基础病及疑难杂症均具有丰富的检验、治疗经验，患者可根据自身情况选择对应科室就诊。
1、耳鼻喉科
为全军耳鼻咽喉-头颈外科中心，国家211工程重点大学的重点学科。学科技术力量雄厚、医疗设备齐全、医疗特色突出。下设的咽喉科是国内较早开展低温等离子射频治疗阻塞性睡眠呼吸暂停综合征(鼾症)的单位之一。
2、风湿免疫科
是国内三级甲等医院中成立较早的特色科室，科室连续11年获复旦专科(风湿科)声誉排行榜提名。科室接诊量大，诊疗经验丰富，年门诊量约7万余人次，年收治病人1800余人次。
3、泌尿外科
是新中国成立后的前列批泌尿外科专业学科，是国内很大的微创泌尿外科培训基地之一。学科在前列腺癌的早期诊断、治疗手术以及综合治疗方面处于国际领跑水平，在泌尿系结石微创治疗，肾癌、膀胱癌的微创手术治疗以及肾移植、 疾病的诊治等领域处于国内领跑水平
