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消化系统内窥术是指在光线照明下可直视胃肠道及腹腔内脏器病变的一种管状器械检查。内窥镜还可取活体组织做病理检查。既可使经其他检查方法得到的诊断得到较后证实，也可使经其他方法不易确诊的早期病变得到确诊，特别是对消化道早期癌肿的发现有着独特的作用。
海军军医大学第三附属医院（上海东方肝胆外科医院）消化内科/内镜中心从影像科的一个内镜组起步，经过20余年发展，学科体系不断完善，逐步形成融合消化内镜诊疗和专科病人收治的消化内科。目前在杨浦，嘉定两院区均设有消化内科和内镜中心。科室主要开展各类消化系统疾病的临床诊治和消化内镜手术操作，尤其在复杂胆胰疾病的内镜微创诊疗方面形成了鲜明的学科特色。
科室长期深耕胆胰内镜领域，每年完成内镜逆行胆胰管造影术（ERCP）、超声内镜诊疗（EUS）、胆道镜技术等近5000例，率先开展内镜技术创新20余项，在胆道良、恶性狭窄的内镜介入诊治方面处于国内领跑地位。
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