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1、呼吸内科：科室长期从事呼吸系统疾病临床、科研和教学任务。瑞金医院呼吸科在临床工作中，不断创新，积累经验，服务病人。上世纪50年代开展的硬质气管镜检查，70年代开展的纤维支气管镜检查、80年代睡眠呼吸疾病的诊治、90年代建立的呼吸重症监护室都是当时国内率先开展的单位之一。
2、肾脏科：自建科以来，已收治大量肾脏病患者，收集大组肾小管酸中毒、原发性肾病综合征、干燥综合征肾损害、狼疮性肾炎、坏死性血管炎、异常球蛋白血症、遗传性肾炎等病例，逐渐形成以继发性肾脏损害、急慢性肾功能不全、遗传性肾脏病、肾小管间质疾病、肾病综合征等疾病的诊治为代表的医疗特色。
3、血液科：国内血液专业首屈一指的学科之一学科在血液疾病的临床和基础研究方面取得了一系列令人瞩目的成就，在白血病和血栓与出血性疾病的诊断和治疗等方面接近国际先进水平，居国内领跑地位。
