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petct检查的副作用，主要是辐射，以petct检查使用的示踪剂18F-FDG为例，全身petct扫描有效剂量只是《辐射防护规定》中一次应急照射限值的十分之一，远低于发生非随机辐射损害的域值。ct在petct检查中如果只是作为衰减校正与图像融合，全身剂量大约为2.5-20mSv,因此，petct检查不会对身体造成明显的伤害。
做任何检查的时候要评估它的利和弊，如果petct很少可能性来提供更多的信息，就不要做这个检查，做petct的人往往都是有某种疾病需要确诊，所以就是患者家属都希望到底是为什么，到底是什么，这个时候做是非常有必要的。
petct的剂量主要是ct的剂量，就是照射剂量，而pet的剂量就是要放射药物的剂量，相对来说ct小，但是做petct用的是定位ct，不是用诊断ct，很少全身的扫描，给予患者很少的放射性照射，不是看的非常清晰的那种ct影像，放射线的影像和ct是不一样，它的剂量非常小，所以这些剂量不会超过公众剂量。
受检者petct检查后，由于正电子核素多为短半衰期核数。以18F为例，1090分钟（约20小时、10个半衰期）身体的滞留量已经非常小，不会造成对周围人员的危害。当然，为了自身及他人利益，可多饮水，多排尿，促进放射性药物的排泄将更加有益。可以说，20个小时，副作用在身体的滞留量就被分解的差不多了，多饮水排尿，分解速度还会加快。
