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上海市儿童医院是一所集医疗、保健、教学、科研、康复于一体的三级甲等儿童医院。医院学科齐全，设有重症医学科、新生儿科、肾脏科、呼吸科、血液科、消化科、心脏内科、神经内科、内分泌科、普外科、心胸外科、神经外科、骨科、泌尿外科、耳鼻咽喉头颈外科、麻醉科、急诊科、儿童保健科、皮肤科、眼科、中医科、口腔科、康复科、医学遗传科等24个临床专科。
1、重症医学科是早批国家重点临床专科和上海交通大学医学院重点学科，是国内规模较大、救治能力较强的儿童重症医学科之一，是多学科合作的综合监护和危重病抢救病房。重点项目包括各种模式呼吸支持、血液净化人工肝、营养支持等。开展各种监护技术，临时心脏起搏技术、食道调搏术等常规抢救技术。在呼吸衰竭与急性呼吸窘迫综合征（ARDS）、多器官功能障碍综合征（MODS）、肝功能衰竭、危重神经系统疾病、严重风湿免疫性疾病和儿童突发严重公共卫生事件应对等，居全国领跑或先进地位。
2、内分泌科是上海市儿童医院的优势学科，首先在国内使用国产仪器进行新生儿甲状腺功能低下的筛查工作。近几年来随着小儿内分泌病人疾病谱的改变，科室对儿童性发育异常、糖尿病、矮小症、甲状腺疾病、肾上腺疾病、肥胖症及尿崩症等疾病的诊治水平明显提高。尤其是对包括性早熟、性发育不良、青春期发育延迟等在内的儿童性发育异常性疾病的诊治是本专科的特色。
3、呼吸科创立于二十世纪60年代，一直是我国儿科呼吸专业临床和科研以及疑难病诊治中心。 呼吸科现有专科门诊、专家门诊、特需门诊、专科病房、肺功能室、支气管镜室、特应性免疫治疗室和中心雾化室，拥有各种先进儿童呼吸专科设施设备，如电子支气管镜、各类儿童肺功能检查，睡眠监测等，满足所有年龄段儿童各种疑难和危重呼吸道疾病的检查和治疗。
4、小儿神经内科开展24小时动态脑电图及视频脑电图监测，建立了有机酸、氨基酸、脂肪酸代谢性疾病以及线粒体疾病的筛查、诊断系统和神经遗传病综合诊断体系。应用ACTH、生酮饮食等方法治疗难治性癫痫，采用二代基因测序对各种神经系统遗传疾病的基因检测，包括脑白质病，神经肌肉疾病，线粒体疾病和癫痫脑病相关基因的检测。开展脑脊液细胞学检查、脑脊液免疫球蛋白指数及寡克隆带测定、神经系统自身抗体检测、抗癫痫药物的基因风险评估及血药浓度测定、神经肌肉活检术等项目。专科主要特色：诊疗神经精神发育迟缓、神经系统各种急、慢性感染如脑炎、脑膜炎、中枢神经系统脱髓鞘病、难治性癫痫的诊治、小儿头痛、抽动症、重症病毒性脑炎的救治及康复、重症肌无力的规范化治疗。
