深圳巿中医院男科创建于2000年，为深圳市早批中医特色专科、深圳市中医重点专科、深圳市中医药学会男科专业委员会挂靠单位、中国中医药研究促进会“首届全国中医男科名科”、岭南中医药男科联盟核心单位、深圳市中医男科医疗技术联盟牵头单位。专科现有专职门诊医生9名，其中市名中医、教授1人、主任中医师3人、副主任中医师3人、主治中医师2人、医师1人;博士2人、硕士5人。设有专家特诊、男性不育、前列腺炎、性功能障碍、性传播疾病专科门诊。

专科设备先进，有精子质量检测系统、SW-3610系列男性生理多参数检测仪、美国RigiScan阴莹硬度检测仪、多任务尿动力学系统等仪器设备，并配有温馨取精室，精子检测室等，能够开展精子质量检测、阴茎敏感度检测、阴茎勃起硬度检测、尿流率检测等专科检查。

多年来，男科应用生物-心理-社会相结合的医疗模式，强调西医辨病，中医辨证，以中医中药为主，中西药结合，内外治并用的手段和方法治疗各种男性疾病。现已形成以精浊(慢性前列腺炎)、阳痿(勃起功能障碍)、男性不育症(弱精子症)为特色的中医优势病种。

专科坚持走突出中医特色的学术发展之路，积极开展针灸、拔罐、耳穴压豆、刺络放血等传统中医疗法10余种，中医治疗率达到90%以上。科室协定方“前痛定方治疗lf塑馒性前列腺炎的关键技术及其应用”荣获中国中医药研究促进会科学技术进步奖二等奖。