中心通过整合集团第一医院和第二医院的与消化系统疾病紧密相关的消化内科、普通外科、麻醉科和病理科，实行一体化管理，形成一支多学科联合的精英团队，现有48名医师，其中包括10名博士、18名硕士、30多名高级职称医师。集团第一医院党委副书记刘锦涛教授兼任中心主任，吕志武教授、贺德教授任消化疾病中心副主任。消化疾病中心共有4个病区，集团第一、二医院各有两个病区。

消化疾病中心成立后，每一位前来就诊的患者，面对的将不只是一名接诊医师，而是一个医疗团队。通过对患者症状、体征、检验、检查结果进行综合评估，确定优等治疗方案。适合药物保守治疗者，有多种治疗方案可选；适合消化内镜治疗者，有技术精湛的医师做微创治疗；需要手术治疗者，无需转科就可安排手术，经验丰富的麻醉医师为患者保驾护航，由据有基因诊断水平的病理团队做出完整、精细的诊断。

中心能开展消化系统常见病、多发病及疑难疾病诊治，如胃肠道炎症性疾病、功能性胃肠病、胃肠道肿瘤诊治，同时，也开展国内大部分内镜手术等先进技术。目前，在开展的消化疾病手术中，有近90%为微创手术，多项技术在深圳处于领跑地位。其中，值得一提的是，其腹腔镜巨脾切除加断流术治疗肝硬化门脉高压症手术录像还被选入了全国外科“百人百部手术精品展”。