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目前在质子治疗中心进行治疗的患者中，包括头颈部、胸部、腹部等八种病种，许多是比较难治的。在这些患者中，治疗结束时多数患者并没有出现副作用症状。在治疗前和治疗后的体重和生活状态，基本上没有变化，说明它对患者的损伤很小。
到底哪些肿瘤可以治疗？到目前为止，手术在许多肿瘤治疗中的地位仍是不可动摇的，但是在没有办法手术或是没有办法耐受手术的情况下，可以做质子重离子治疗。如果碰上传统常规的放射治疗根本没有用或者毒性比较大的，患者年纪也比较大的情况下，用质子重离子治疗也是可以考虑的。
另外还有一种人群，就是在手术或传统放射治疗以后，再发生局部复发，那该怎么办？在病人前列次放疗以后复发的话，其实使用质子重离子也有一定的效果。对青少年患者，用这种方法可以减少正常组织的损伤，显示它的优越性。
2014年《自然》杂志这样定义重离子治疗：让我们的放射治疗从治疗肿瘤转变为治好肿瘤，这样就能使这个创新技术更多造福于患者。
