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病人在进行治疗的时候又是怎么做的呢？在真正的治疗开始前，医生会先明确病人是否合适进行质子重离子的治疗。如果合适的话，就可以开始准备了。譬如前列腺癌，上面是膀胱，后面是直肠，小便和大便的多少都会造成前列腺的移动，医生要保证它在每次治疗时处于相对一致的位置上，否则一旦“定向爆破”就爆错了地方。
尽管已经先做过模拟，但为了确保万一，可以再用自动验证系统来保证病人现在躺的位置，也就是肿瘤所在的位置和原先计划中是一模一样的，而这也是全自动的过程。
技术人员在旁边的操作室开关射线，进行治疗，基本上能全程无痛。真正的照射时间较短，只有两三分钟，更多时间其实是在确保病人治疗过程中位置的准确。一般来说，整个疗程短的一个星期，长的一个月到一个半月左右。
