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上海市儿童医院呼吸科拥有设施齐全的独立专科病区(床位两院共计85张)；专科门诊包括普通专科、专家专科、特需专科和哮喘与咳嗽专病门诊，可以满足不同的需求。呼吸科拥有目前各种国内外先进诊疗设备和设施，如儿童支气管镜检查室、肺功能室、呼出气体一氧化氮（FeNO）、特异性免疫治疗室、中心雾化室等，能够保证各类儿童呼吸道疾病得到有效的诊治。
上海市儿童医院呼吸科主要特色：
1.小儿各种常见呼吸系统感染性和过敏性疾病的诊断与治疗
2、各种复杂性、难治性呼吸系统感染性疾病的诊断与治疗，如：肺炎链球菌感染、金黄色葡萄球菌感染、真菌感染、结核杆菌感染、肺炎支原体（衣原体）等引起的呼吸系统感染性疾病。各种病毒如：EB病毒、单纯疱疹病毒、“手足口病”病毒、“禽流感”病毒、“甲流”病毒等引起的重症肺炎。各种原因所致的脓（气）胸、胸腔积液、肺脓肿，以及各种肺实变、肺空洞、坏死性肺炎、纤维化等。
3.小儿支气管镜介入技术诊断治疗复杂、危重的呼吸系统疾病
运用包括支气管镜技术在内的多种技术对各种肺炎肺实变（纤维化除外）、痰液（栓）阻塞、（支）气管狭窄变形闭塞的介入等治疗，有独创优势。
4.小儿咳嗽、哮喘及过敏性疾病诊治和长期随访。
呼吸科开展的肺功能、呼出气体一氧化氮（FeNO）检测技术，观察治疗反应和治疗效果，及时调整治疗方案和治疗方向。
5.小儿先天性支气管（肺）发育异常的检查与诊治。
6.小儿肺间质性疾病和肺血管疾病诊治。
