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上海市中医医院儿科始建于二十世纪50年代初，是集医疗、教学、科研为一体，中医优势和中医特色鲜明的学科。比例为92.9%。学术带头人虞坚尔和王霞芳教授均为上海市名中医，临床经验丰富。
科室以儿科常见病、多发病、疑难病为主攻方向，涵盖呼吸系统疾病、消化系统疾病、营养系统疾病、内分泌系统疾病、神经系统疾病及杂病等。开展中药穴位敷贴合离子导入技术治疗小儿肺系咳喘病、膏方疗法治疗小儿反复呼吸道感染和哮喘等病证、脐部敷贴疗法、刺四缝疗法治疗小儿厌食，火丁疗法治疗婴幼儿吐乳、香佩疗法防治小儿反复呼吸道感染等特色疗法。
脑病科在学术带头人李如奎老中医及刘毅、李文涛等主任带领下，以脑血管病、帕金森病、癫痫、眩晕病为主要优势病种，紧跟现代医学新进展，突出中医药治疗优势，形成了中西医结合、中医特色鲜明的诊治体系。
