神经内科是复旦大学附属华山医院的特色学科之一，由著名神经病学家张源昌教授创立于1950年， 1980年成立卫生部批准的神经病学研究所，1981年成为全国早批神经病学博士学位授予点。90年代初，吕传真教授领衔学科的新一轮建设，形成脑血管病、神经免疫疾病、运动障碍及退行性疾病、癫痫与睡眠障碍的四大专业方向，1995年成为上海市医学领跑专业重点学科，2000年被列为复旦大学“985工程”建设学科。

目前是WHO神经科学研究和培训合作中心、教育部国家重点学科、复旦大学“985”工程的 III期“重中之重”建设学科、国家医学神经生物学重点实验室的临床部分。临床上拥有病床92张和神经病理、生化、免疫、细胞分子、临床药理、神经流行病、神经心理、 脑电图、肌电图和TCD等有关临床检查和研究室。