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对于PET-CT用于肿瘤治疗的作用，业界已有共识。目前，美欧诸国均已将某些成本效益高的PET-CT治疗检查纳入医保报销范围。
“美国2007年的统计显示，仅非小细胞肺癌一项，由于用了PET-CT，就给美国政府的联邦医疗保险省了19亿美元，而这只是美国多种保险中的一种。” 总医院核医学科主任田嘉禾对财新《新世纪》说。
在不久前由北京大学肿瘤医院主办的“燕京肿瘤临床与PET/CT应用会议”上，多位中国肿瘤专家与放射专家呼吁：在限定了适应症后，应将PET-CT对某些疾病的治疗检查纳入医保。
不过，相比多国医保对PET-CT用于临床治疗的积极支持，绝大多数国家并未将PET-CT体检纳入报销范畴。
“这不是因为价格，而是因为风险。”荷兰癌症研究所核医学部专家柯尼里斯?霍夫纳格尔（Cornelis A. Hoefnagel）对财新《新世纪》表示，“像日本那样的PET-CT体检，可能100个人里才检查出5个人。为了5个人而让其它95个人承担辐射风险，不值得。”
PET-CT的安全性一直受到质疑。2009年4月《放射医学》杂志的一篇文章指出，在对香港和美国进行的放射剂量研究表明，目前全身PET-CT扫描伴随着大量的辐射剂量和致癌风险。
日本是较广泛使用PET-CT进行体检的国家，由此催生了国际“体检旅游”服务。该项服务目前也吸引了大量中国人。即使在日本国内，对PET-CT体检的争议也未能避免。
“用PET-CT进行体检的成本收益如何，这方面的证据还不足。”日本国立癌症中心统计分析科主任片野田耕太对财新《新世纪》表示，“目前PET-CT体检主要是由一些医疗机构的利益驱使，我们还在等待更多的证据，不会将它作为指南来推动。”
一篇发表在2007年《亚太肿瘤预防杂志》的论文表达了更加负面的观点。该研究发现，在用PET-CT对50岁-59岁的健康日本人进行体检时，其阳性预测值现有3.3%。也就是说，经PET-CT体检发现有肿瘤异常的患者中，近97%都不是真正的恶性肿瘤患者。
而若以60公斤体重为标准，则一次PET-CT扫描的有效辐射剂量在6.34毫西弗至9.48毫西弗之间。
“这意味着，在日本，很多假阳性患者暴露在至少6.34毫西弗的辐射中，却并没有得到真正的收益。”论文指出，“对于PET-CT在健康人中的运用，仍需更多效果评估。”
无独有偶，由加拿大政府资助的非营利性组织“加拿大医疗服务研究基金会”也指出，PET-CT扫描不仅不能预防癌症相关的死亡，还会给患者带来风险。
该基金会的一份报告指出，一个好的检查应该具有易感性和特异性，错误率较低。它应该能够降低某种疾病的死亡率，而且不应使人们受到不应有的伤害。
“没有证据表明，PET-CT扫描能预防癌症相关的死亡。”在梳理了近年来对PET-CT体检效果评估的多篇论文后，这篇报告称，“PET-CT扫描既不具有易感性也不具有特异性，它还给患者带来大量的风险，包括不必要的检查、过多的放射暴露以及很高的错误率。此外，它还增加了过度医疗的几率。”
