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消化系统的肿瘤人群是日趋上升的趋势。PETCT作为目前医疗上先进的一种检查仪器，可以在早期发现消化系统肿瘤的肿瘤，在消化系统中的诊疗中发挥着越来越重要的作用。但是在原发灶诊断方面由于消化道内存在较多的正常或非肿瘤因素FDG摄取，容易造成假阳性。
对于消化道息肉和恶性肿瘤，如果息肉无典型形态学表现或恶性肿瘤未侵及管壁，PETCT很难将二者区别开来。早期表浅的肿瘤以及部分含黏液成分较多的肿瘤因FDG摄取较少，容易呈假阴性。故对于消化道肿瘤，与内镜相比较，PETCT在这方面并无优势，特别在早期肿瘤的诊断方面，更多需依赖内镜。但对于内镜暂不能到达区域，如小肠，PETCT有很好的效果。
PETCT在诊断消化系统肿瘤的N分期及M分期方面有明显优势，超声、CT、MRI对淋巴结是否转移主要是依赖于其大小，对于那些小的转移性淋巴结无法诊断，PETCT则弥补了这一缺陷。对于那些密度或信号无明显改变的远处转移，PETCT可以很好地显示。PETCT全身扫描还可以发现临床未怀疑的其他远隔脏器或组织转移。很多病人因PETCT检查而改变了治疗方案。
PETCT俭查结果还可以直接用于放疗定位，病灶靶区体积可以通过PETCT提供的信息进行调整。如果怀疑有消化道肿瘤，可以先行胃镜或者肠镜检查，确诊之后可以行PETCT检查，以协助肿瘤分期及治疗方案的选择，治疗之可以再行PETTC以观察疗效，后期则以PETCT结合胃镜复查。
