广州医科大学附属第二医院番禺院区位于广州市番禺区亚运城，前身为“广州医科大学附属第四医院”，2016年经广州市编委及广州医科大学批准，整体并入广州医科大学附属第二医院。

番禺院区占地面积82亩，建筑面积6.6万平方米，设有门诊部、医技楼和住院大楼。开设住院病区12个，现有床位500张，承担医疗、预防、保健、康复、急诊急救、教学科研等任务，主要为番禺、南沙等地区居民提供医疗卫生保障服务。广医二院对番禺院区实施“小综合、大专科”的发展战略，采取“垂直管理”模式，促进三级医院优质医疗资源进一步延伸。

番禺院区现以器官移植、急危重症救治、放射介入和微创手术治疗、肿瘤综合治疗、心脑血管疾病治疗为特色，努力成为番禺区医疗卫生事业重要支撑力量。