肿瘤学科是上海市临床重点专科、上海市“重中之重”临床医学中心、上海市教委肿瘤学重点学科。2018年度中国医院科技量值评价，综合性医院中列第5位。已建立12个肿瘤MDT，在全国率先成立MDT专家委员会，完善集肿瘤预防、诊断、治疗及康复一体化服务平台，构建精准的肿瘤全程管理体系，其中泌尿、消化、妇科肿瘤为优势学科。建立了上海很大的肿瘤日间化疗中心。积极牵头和参与国际性多中心肿瘤新药研究、开展肿瘤新技术临床应用，主持或参与制定多项临床指南或共识，推动肿瘤规范化和个体化诊疗；建立国内较早的一个呼吸活检实验室，探索肺癌患者更便捷、准确的早筛早诊模式；国内首先通过“一人一批”获得海外抗癌新药治疗，成为国外已上市抗肿瘤新药的国内较早的一个试点单位；建立肿瘤专科联盟，实现一体化、同质化管理。

肿瘤学科现为上海交通大学医学院肿瘤专科医师培训专家组组长单位、上海市肿瘤内科专科规培基地。现着手建设上海交通大学医学院临床肿瘤学系，建立了国内第一个以大学为单位，跨医院、跨学科肿瘤专科培训平台。此外，肿瘤相关的国家自然科学基金项目位居上海市综合医院第一，并发表多篇高水平研究论文。