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一、工作原理不同：PET-CT将CT与PET融为一体，由CT提供病灶精细准确解剖定位的同时，PET提供病灶详尽的功能与代谢等分子信息，从而助力病灶的早期发现和诊疗；增强CT其实就比普通CT多注射了一种显像剂，这些造影剂经过血液循环系统，首先在那些血管供应丰富的地方显影，显影的地方称为强化，它有助分辨肿瘤和正常组织，因为肿瘤的血供通常比较丰富，在增强检查的时候，肿瘤的部位会出现强化。
二、检查部位不同：PET-CT可以检查局部，也可以一次性扫描全身，从而有助发现肿瘤转移灶。而增强CT检查目前主要检查局部，还不能进行全身扫描，在检查过程中，可能会出现转移灶的漏查。
三、检查精度不同：PET-CT检查精细准确度很高，可查出直径约0.2cm的肿瘤，而增强CT可以检查出直径约1.0cm的肿瘤，精细准确度不如PET-CT。因此PET-CT可比增强CT更早发现肿瘤。
四、注射的造影剂不同：增强CT通常使用一种非离子型的碘制剂，有过敏的风险；PET-CT注射的是正电子核素标记的脱氧葡萄糖，无过敏情况。
五、显像不同：增强CT目的是使病灶有显著的对比，如一些肿瘤病变、恶性肿瘤，它增强的幅度会高一些；而PET-CT注射的药物，由于恶性肿瘤会吸收这种脱氧葡萄糖、比正常细胞多消耗葡萄糖，所以它吸收这种显像剂后，在PET-CT图像上会表现为高代谢或是浓聚的病灶，这对于肿瘤的早期发现，包括肿瘤的全身转移，还有肿瘤患者治疗后的复查，可以检测肿瘤患者治疗后有无残留的病灶或者是复发和转移，或是治疗前的定位，比如手术或放疗前的定位。
