北京马应龙长青肛肠医院成立于1997年，现隶属于马应龙药业集团。马应龙药业集团是一家经商务主管部门首批认定的中华古字号企业，1995年引入第一大股东中国宝安集团。经过多年持续快速健康发展，如今已成长为一家专业化医药类上市公司。2009年马应龙药业成立了肛肠连锁医院有限公司，现在全国已有六家连锁医院，北京马应龙长青肛肠医院便是其中之一，其医疗特色为治疗肛肠疾病。2014年3月通过了国家中医药管理主管部门三级甲等中医专科医院评审。