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质子重离子将主要致力于开拓对于传统光子放疗有困难的病例方面的适应证，比如对光子不敏感的肿瘤，或者是因为心、肺等正常组织剂量受限而不能接受治疗量照射的病灶。前者主要是提高其敏感性和疗效，后者则主要是相对光子提高其肿瘤剂量从而提高肿瘤控制率。
质子重离子治疗虽然是一个非常先进而且尤其独特优势的放疗手段，但其十分不是“神器”，既不能保证百分百治好肿瘤，也不是百分百没有不良反应。
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