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原发性肝癌约90％为肝细胞性肝癌，早期多无症状，发现时多为晚期，而且多合并肝硬化与肝功能异常以及多中心发生或肝内转移、大血管侵犯等情况。这使外科手术只能治疗不足1/5的患者，术后肿瘤复发率高是治疗失败的主要原因。近年来，对于大多数不能手术的患者，放射治疗渐渐成为了一种有效的局部治疗手段。
质子治疗由于其Bragg峰特性，能够有效提高靶区剂量，在入射的路径上，对肿瘤的后端和侧面形成有效的保护，能够让绝大部分的肝组织处于没有剂量的状态，对周围健康组织的伤害非常小，实现对肿瘤治疗的同时保护肝脏。
目前，质子治疗肝癌的效果优于传统放疗、堪比手术，已成为许多肝癌患者的重要选择。质子治疗对肿瘤细胞进行“定向爆破”同时，能较大限度地保护肿瘤周围正常组织，从而提高治疗效果、降低毒副作用。对于早期肝癌，质子治疗疗效好，副作用小。
