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上海东方肝胆外科医院肝胆外科，于2000年11月成立。肝胆外科细分为：腹腔镜科、内镜科、胆道二科、肝外一科、肝外二科、肝外三科、肝外四科、肝外五科、肝外六科、内镜科。
上海东方肝胆外科医院腹腔镜科以复杂胆道外科疾病、腹腔镜治疗胆道疾病以及胃肠道肿瘤肝转移疾病治疗为特色。胆道结石的内镜处理急性胆源性胰腺炎的内镜治疗急性化脓性胆管炎的内镜治疗梗性胰腺炎（胰性腹痛、胰源性腹泻）的内镜治疗梗阻性黄疸的内镜治疗胆胰、肝炎病的内镜治疗上消化道内镜的诊断及治疗大肠镜诊断与治疗超声内镜的诊断与治疗胰管镜、胆管镜的临床应用。上海东方肝胆外科医院胆道二科是在吴孟超院士的关怀指导下，由钱光相教授创建于1992年。上海东方肝胆外科医院肝胆外科主要从事肝胆胰及普通外科疾病的外科诊治及研究。尤其在胆囊癌、肝门部胆管癌及壶腹周围癌治疗性手术治疗，肝胆管结石、损伤性高位胆道狭窄、先天性胆管囊肿及多次术后病情复发的再次手术治疗等方面形成了鲜明的特色和优势，总体疗效国内领跑。
上海东方肝胆外科医院肝外一科擅长临床肝移植及肝胆疾病的外科治疗，特别是前列、第二、第三肝门的巨大肝癌、尾状叶肝癌、高位肝门胆管癌的手术切除以及肝叶、肝段切除治疗肝内胆管结石等，科室在开展常规肝胆胰脾外科手术的基础上，可完成以下高难度的手术：肝移植手术、右三叶肝切除、左三叶肝切除、尾状叶肿瘤切除、中肝叶肿瘤切除、肝门胆管癌切除术、胆囊癌治疗术、胰十二指肠切除术、复杂的肝胆管结石手术以及肝癌术后复发再切除、多次胆道术后再手术等。
