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1、消化内科：仁济医院消化学科是以上海市消化疾病研究所（1984年由江绍基院士和萧树东教授共同创建）的临床和基础部分为主体组成。系国家重点学科牵头单位（1989年起至今）、国家临床重点专科）、国家临床重点专科（卫生部重点实验室）、国家211工程重点学科、上海市重点学科）、卫生部消化内科重点实验室）、上海市消化内科临床医学中心和上海市“重中之重”临床医学中心（A类）、上海市消化内科临床质量控制中心。同时还是中华医学会消化病学分会 网站《中华消化网》的承担单位。
2、泌尿外科：泌尿外科始终坚持以病人利益为前列位，以疾病为中心，以亚专业为单位，以术业专精的优良青年医师为人才优势，重点推动学科专病诊治体系建设，注重学科发展的专业化、精细化、信息化和国际化，初步建成特色鲜明的泌尿系肿瘤（肾脏肿瘤、前列腺肿瘤、膀胱肿瘤）、 学、泌尿系结石、前列腺增生、排尿功能障碍及盆底整复、小儿泌尿、肾移植和急诊泌尿亚专业，成为中国临床诊治能力完善的泌尿外科。仁济医院泌尿外科将持续推动多方位学科建设，着重落实并深化泌尿系常见疑难疾病临床诊疗中心、泌尿系肿瘤临床转化研究中心及仁济泌尿外科教育培训中心的建设。仁济泌尿将继续以亚专业和重要专病为单位，以术业专精的优良青年医师为人才优势，提升医疗服务内涵和能级，加强科学研究和人才队伍建设，较终建成专科齐全、特色明显、梯队完整、管理到位、医教研全面发展的临床医疗及学术队伍，进一步提高国内辐射度及国际知名度,为学科跻身国际优等水平学科奠定基础。
3、神经外科：神经外科设立了内镜微创、脑血管病、幕上、幕下肿瘤、复合手术、颅脑创伤及重症、脊柱脊髓、和小儿神经外科等亚专业。在脑肿瘤显微外科技术和内镜技术、脑血管病综合治疗、颅脑创伤临床诊治、神经重症监护及脊柱脊髓等方面积累了丰富的经验。医疗规模和诊治能力、学科人才培养和学术水平总体处于国内先进水平。颅脑创伤救治已经处于国际先进水平。
