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上海瑞金医院设有34个临床科室、9个医技科室。
现有国家教育部重点学科3个（内分泌、血液、消化），上海市重中之重学科1个（血液），上海市重点学科1个（内分泌），上海市优势学科一个（肾脏），上海市教委重点学科6个（消化外科、血液科、内分泌科、骨科、烧伤科、心脏内科），上海市卫生局医学领跑专业重点学科3个（消化外科、血液科、肾脏内科）。
医院还有6个市级研究所（上海市伤骨科研究所、上海市高血压研究所、上海市内分泌研究所 、上海烧伤研究所、上海血液学研究所、上海消化外科研究所），2个校级研究所（上海交通大学医学院神经病学研究所、上海交通大学心血管病研究所），1个院级研究所（感染病与呼吸病研究所），8个校级研究室，3个院级实验室。
此外，还建立了国家重点实验室和教育部重点实验室各1个（医学基因组学重点实验室），2个卫生部重点实验室（人类基因组重点实验室、内分泌代谢重点实验室），4个上海市重点实验室（人类基因组研究重点实验室、血管生物学重点实验室、中西医防治骨关节病损重点实验室、内分泌肿瘤重点实验室）。并通过整合上述科研力量，建立了附属瑞金医院生物医学研究院。
同时，还建有与临床诊疗密切结合的一些中心，包括分子医学中心、糖尿病研究中心、血栓与止血研究中心、血液病诊治中心、基因诊断中心、眼科中心、青少年生长发育中心、介入治疗中心、生殖医学中心等。另外上海市卫生局有4个质量控制中心（康复、骨科、心脏介入、血液）挂靠在瑞金医院。
瑞金医院于20世纪50年代成功抢救邱财康后，大面积烧伤治疗始终处于世界先进水平；70年代在国内率先开展了心脏和肝脏的移植手术；90年代在白血病分子生物学研究和临床医疗领域取得了重大进展；21世纪日臻完善的器官移植，使得许多病人将这里视为生命的绿洲。为此，医院获得了全国卫生系统先进集体（6次）、全国百佳医院；
瑞金医院以所取得的成就和荣誉为动力，为了进一步适应市场需求，医院积极开展高精尖诊疗技术，如微创伤手术、关节镜手术、心血管介入治疗、眼科准分子激光术等，并充分利用医院综合医疗优势，实行多学科或跨学科联合会诊制，使医疗诊治水平日益提高。
同时医院还将发展目标定位在研究型医院上，借助医院9个市级研究所，医院在肾脏内科、消化内科、内分泌、高血压、中医伤科、急性坏死性胰腺炎、生殖医学等学科中颇具特色，特别是国家重点研究所的科研优势，立足临床加大科研力度，为人民健康创造出了许多临床新成果。
