眼科源于1976年的 “温州医学院白求恩门诊部”，是医院较早创立的两大科室之一。院早批重点学科，院较早招收硕士和博士生的科室，卫生部及浙江省住院医师规培基地。眼科率先在浙东南地区开展一系列标志性技术，创造诸多“第一”。经过40余年的耕耘，眼科已成为常规开放60张床位、多院区一体运行的学科，设立眼底病、儿童眼病、白内障、眼眶病、眼外伤、斜弱视6个亚专科，临床、教学、科研水平省内领跑，影响力辐射至浙东南闽东北。

眼科拥有一支医疗技术精湛、诊疗设备先进、综合实力雄厚的专业学术队伍。医护40余人，其中教授/主任医师4人，副教授/副主任医师5人，硕士生导师4人；政府特殊津贴1人。目前龙湾、鹿城、台州院区均设立眼科，开放病床60张，日门诊量近300人次，年出院病人2500多人次，病房手术量3000多例。

常规开展白内障、视网膜脱离、青光眼、角膜移植、斜视、眼眶整形、泪道手术,手术水平国内领跑。浙南地区开展首例人工晶体植入术，较早开展微切口白内障超乳手术，白内障年手术量1000余例；精准微创的23G、25G视网膜显微手术，有效治疗复杂视网膜脱离、眼外伤和黄斑疾病，玻切年手术量超500台；多学科联合个性化治疗全身病相关眼病如糖尿病眼病、甲状腺眼病，疗效明显；儿童眼底病筛查年超5000例，是浙南地区儿童眼底病治疗包括早产儿视网膜病变、视网膜母细胞瘤较早、较多的医院之一；在浙南综合医院率先开展日间手术，手术时间短、安全性高、视力恢复快，满意度高达98%。