肛肠外科成立于1984年，以中医药特色疗法闻名全市。经过30多年发展，现已形成中医药特色肛肠技术、结肠镜检查与治疗、结直肠肿瘤微创手术三大学科品牌。科室主要从事结直肠癌、结肠息肉、痔、肛瘘、肛裂、肛周脓肿、直肠脱垂等疾病的诊治。

常规开展结肠镜检查及结肠镜下息肉切除术；常规开展腹腔镜结直肠癌治疗手术、超低位直肠癌保肛手术。2020年4月，科室与浙大一院肛肠外科建立紧密型合作关系，各项工作全面与省级医院接轨。2020年6月，挂牌“结直肠癌筛查建设基地”。

近年来科室每年开展新技术多项，在国内核心期刊发表学术论文5篇，主持金华市科技计划项目1项。