医院作为上海交通大学医学院的附属医院，儿科学专业已经成为国家重点学科、211工程、985工程、085工程重点建设学科，相关儿科亚专业相继获得国家临床重点专科、卫生部重点实验室、卫生部早批小儿先天性心脏病诊断和介入治疗继续教学的培训基地、上海市早批临床医学中心、上海市医学重点学科及上海市公共卫生重点学科等。医院还设有国内较早的一家儿科转化医学研究所、上海市小儿先心病研究所，以及儿童听力、儿童血液肿瘤、注意力缺陷、呼吸循环、小儿肝病、儿童癫痫、儿童睡眠障碍等多个研究所及临床诊治中心。15年来，先后获得国家科技进步二等奖5项（合作2项），多次获得上海市科技进步一等奖、中华医学会科技进步奖、教育部科技进步奖、宋庆龄儿科医学奖等重大科研奖励。近年来，医院引进并培养了一批学科骨干，获得中央千人计划、上海市千人计划、国家优青、东方学者、卫生系统领军人才等各类人才资助计划。医院设有儿科专业博士后流动站、博士、硕士培养点，也是上海市儿科住院医师规范化培训的主要基地之一。

儿童血液肿瘤中心已成为国内规模很大的诊治中心，每年收治新发白血病及肿瘤病例450余例，累计完成各类疑难重症的造血干 细胞（呆狐网提醒：尚未成熟技术）移植近500例，儿童急性淋巴细胞性白血病5年无病生存率大于75%，再生障碍性贫血移植总体成功率为91%，达到发达国家先进水平。