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消化病科 全国排行第 1
上海交通大学医学院仁济医院消化学科是以上海市消化疾病研究所(1984年由江绍基院士和萧树东教授共同创建)的临床和基础部分为主体组成。系国家重点学科牵头单位(1989年起至今)、国家临床重点专科)、国家临床重点专科(卫生部重点实验室)、国家211工程重点学科、上海市重点学科)、卫生部消化内科重点实验室)、上海市消化内科临床医学中心和上海市“重中之重”临床医学中心(A 类)、上海市消化内科临床质量控制中心。同时还是中华医学会消化病学分会 网站《中华消化网》的承担单位。 消化科现有病床112张(今年下半年将扩充至170张)、内镜中心占地3400平方米、实验室面积1200平方米。学科中江绍基院士是我国消化病学界的中国工程院院士，曾任三届中华医学会消化病学分会副主任委员兼《中华消化杂志》总编辑;萧树东教授目前担任上海市消化疾病研究所名誉所长和前任亚太消化病学会主席、曾任中华医学会消化病分会主任委员和《中华消化杂志》总编辑。学科中拥有正高等职称员工15人、副高者近20名;博士生导师12人(现职7人)、硕士生导师17人。现有医生56名。2013年消化科门诊量35万人次/年、内镜量超过7万人次/年。
生殖医学科 全国排行第 10
上海仁济医院生殖医学中心是目前上海各级医疗机构中拥有国家批准证书 、开展辅助生殖技术较规范和整体实力较强大的生殖医学单位。
仁济医院生殖医学中心成立以来，由于管理严谨，实力雄厚，设备精良，各项操作以伦理导航，实施个性化、针对性的治疗方案，使得成功率达到了国内外先进水平，目前生殖医学中心的人工授精成功率稳定在20%以上，试管婴儿为40%左右。为了进一步给病家提供更舒适的就诊环境，生殖中心除了保留浦西的原址外在浦东灵山路845号增设新址，新建场地占地10亩，总建筑面积1.7万平方米，环境优雅，设施齐全，并设有病房。
泌尿外科 全国排行第7
仁济医院泌尿科是211工程重点建设学科、上海交通大学医学院重点学科、上海市浦东新区泌尿外科重点学科群建设牵头单位，拥有上海市 学研究所、上海市人类精子库、《中国 学》杂志。近5年，获得国内课题8项、省部级项目23项、局级课题12项，累计课题经费共1173万元;发表了SCI收录文章18篇，统计源期刊文章216篇，授权专利8项;每年举办全国性 疾病规范化诊治、女性尿控、上尿路结石诊治、泌尿 显微外科技术应用及泌尿急诊处理学习班;共培养硕士研究生32人，博士研究生11人，进修医师200余名。
麻醉科 全国排行第4
自2014年12月起，俞卫锋教授担任麻醉科科主任，并建立了11个亚专业组(分别为神经外科、心血管、胸科、移植、普通外科与泌尿外科、骨科、妇产科、日间手术、手术室外麻醉、儿科、疼痛治疗专业组);建立麻醉诱导室增加复苏室与日间手术室;筹备建立高水准的麻醉实验室。
目前，仁济医院麻醉科现共有手术室79间，日间手术室12间。至2017年，仁济医院的年手术麻醉数超11万例，其中无痛诊疗(无痛胃肠镜和无痛人流)麻醉数达近50000例，日间手术3.5万多例，年完成总手术量、三四级重大手术量连续4年均在上海排名.业务范围涉及临床医疗的各种诊疗过程。
仁济医院麻醉科现有医生102人，其中主任医师5名，副主任医师8名，主治医师40余人，住院医师64人，高等职称比例为12.75%;其中博士22人，硕士62人，本科18人，研究生学历为82.35%;麻醉护士36人。
核医学 全国排行第9
上海仁济医院核医学科始建于1956年，多年来在各级领导的直接关怀和指导下，全科成员共同努力，以临床医疗需要为基础，以科研创新为目标，目前已经发展成为集医、教、研为一体，具有核素治疗、影像检查和体外分析等多元化项目的临床诊治及医技检查科室,在国内具有一定声誉和影响力。
2003年引进的美国GE公司十分优等的功能影像装置PET/CT-Discovery LS系统，是由GE公司将它的Advance Nxi PET系统与 Lightspeed Ultra-plus八排高速螺旋CT系统融合为一体开发的新型功能显像装置，它既满足了PET系统实现人体生理生化代谢功能显像的需要，同时它所配备的八排螺旋CT系统不仅解决了以往由于单纯应用PET显像所存在的解剖定位关系不清的缺陷，而且缩短了显像检查的时间，使得全身葡萄糖代谢断层显像的检查时间由过去的45-60分钟缩短为30分钟以内即可完成，是21世纪国际上很早推出的十分优等的功能影像诊断装置之一。
风湿科 全国排行第3
仁济医院风湿病学科创立于1979年，学科在系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、抗磷脂抗体综合征、炎性肌病、白塞病、成人斯蒂尔病、强直性脊柱炎等风湿性疾病的流行病学、发病机理、诊治策略等方面进行了40多年的持续探索，使得风湿性疾病患者生活质量有了显著提高。
变态反应(过敏科) 全国排行第8
上海交通大学医学院附属仁济医院过敏科(变态反应科)是过敏性疾病国家临床重点专科建设单位，是仁济医院的特色专业之一，也是国内较早建立的过敏性疾病诊疗机构，目前与国际、国内多个高水平过敏防治机构保持学术交流与合作关系，在全国享有较高声誉。
疾病诊治范围：各类过敏及过敏相关性疾病，包括过敏性鼻炎/鼻窦炎、过敏性结膜炎、支气管哮喘、慢性咳嗽、过敏性支气管肺曲菌病(ABPA)、过敏性肺炎、荨麻疹、血管神经性水肿(包括遗传性血管性水肿/HAE)、特应性皮炎(湿疹)、接触性过敏性皮炎、过敏性紫癜、严重过敏反应与过敏性休克、食物过敏、药物过敏、环境因素过敏、嗜酸粒细胞增多症、嗜酸粒细胞性血管炎(EGPA)、免疫球蛋白E(IgE)增高等。
