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上海瑞金医院拥有国家临床重点专科项目23个（消化内科、麻醉科、重症医学科、临床护理、骨科、检验科、心血管内科、内分泌科、血液科、儿科消化专业、肾脏内科、皮肤科、神经内科、呼吸内科、急诊科、普外科、烧伤科、感染科、肿瘤中心、老年病科、放射影像、中医肿瘤、内分泌代谢病重点实验室）。
上海瑞金医院现有国家教育部重点学科4个（血液病学、内分泌与代谢病学、心血管病学、神经病学）。因此瑞金医院擅长的科室有血液科、烧伤科、内分泌科、肾脏科、消化科、感染科，在治疗心血管病、皮肤病、肝胆胰脾乳腺等外科手术方面备受好评。
上海瑞金医院装备PET-MR、第六代头部伽玛刀、第二代达芬奇手术机器人系统、360脑磁图、术中放射治疗系统和小动物PET-CT等设备，还拥有PET-CT、、磁共振（MRI3.0T）、256层CT、第二代64层双源CT、SPECT、SPECT/CT、磁导航DSA、、三维调强直线加速器等一大批仪器，医疗设备达到国际先进水平。
