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上海市第一人民医院分为南北两个院区。北部以眼科、泌尿、耳鼻喉、心血管，南部以妇儿、肿瘤、创伤、消化为重点。医院形成了以眼科及视觉科学为尖峰学科，泌尿外科及 学、消化病学及大器官移植、肿瘤病学为高峰学科，临床病理学、临床药学、耳鼻咽喉科学、妇产及生殖科学、心脏及大血管病学、呼吸及胸外科学为高原学科的临床学科群体系。
泌尿外科：是上海市器官移植临床医学中心的核心组成部分，传统优势为肾移植，下设肾移植科泌尿系结石科、泌尿系肿瘤科、前列腺及尿控科。
耳鼻咽喉科、肿瘤科、普外科、血液科、消化科各有特色。
上海市视觉复明临床医学中心——眼科专业设置精细，分为眼底病外科、眼底病内科、白内障、眼表疾病、青光眼和小儿屈光泪道等亚专科。其特色是复杂性视网膜脱离、糖尿病眼病、中西医结合治疗眼底病、白内障治疗等。视网膜脱离的诊治全国闻名。眼科设备达国际先进水平，为临床诊断奠定了基础。
