46
拥有国家教育部重点学科2个（肿瘤学、临床病理学），国家临床重点专科1个（病理科），卫生部临床重点学科3个（乳腺癌、放射治疗、病理学），上海市临床医学中心2个（放射治疗、乳腺癌），上海市医学重点学科1个（临床病理学），复旦大学重中之重建设学科4个（乳腺癌、放射治疗、病理学、大肠癌）。
医院为上海市病理、放射治疗、肿瘤化疗3个质量控制中心以及上海市抗癌协会的挂靠单位，设有国家食品药品监督管理局认定的国家药物临床试验机构，以及复旦大学肿瘤研究所、复旦大学乳腺癌研究所、复旦大学大肠癌诊治中心、复旦大学鼻咽癌诊治中心、复旦大学附属肿瘤医院肺癌防治中心、复旦大学附属肿瘤医院恶性黑色素瘤防治中心等科研机构。
于2005年6月成立了包括肺癌和食管癌、乳腺癌、胃癌、大肠癌、淋巴瘤、鼻咽癌、甲状腺癌、头颈恶性肿瘤、前列腺癌、妇科肿瘤、胰腺肝胆恶性肿瘤、骨和软组织肿瘤等12个多学科综合治疗协作组，这是一个以病人为中心，以完善治疗为目的的系统化工程，各协作组分别有一位召集人，并由肿瘤外科、肿瘤内科、放疗科、肿瘤病理科、放射诊断科、核医学科、超声诊断科的教授共同参与讨论每个患者的诊治方案，力争使患者接受较正规的系统化治疗，提高肿瘤患者的疗效。
