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PETCT和PETMR是现在医学设备中十分先进的仪器，两者虽然有不同的地方，但是二者功能优势互相补充。
PETCT全称为正电子发射计算机断层显像仪，由PET提供病灶详尽的功能与代谢等分子信息，而CT提供病灶的精细准确解剖定位，一次显像可获得全身各方位的断层图像，检查结果较准确。通过定性和定量分析，能提供有价值的功能和代谢方面的信息，同时提供较准确的解剖信息，能帮助确定和查找肿瘤的位置，其检查结果比单独的PET或CT有更高的准确性，特别是提高了对小病灶的诊断能力。
其次是可以进行全身快速检查，对选定的身体某些部位进行扫描，PETCT一次全身扫描仅需近10分钟左右，能分别获得PET、CT及两者融合的全身横断面、矢状面和冠状面图像，可直观地看到疾病在全身的受累部位及情况，而且在检查过程中无创，较为安全。临床上它主要用于大多数良恶性肿瘤鉴别诊断、肿瘤的分期、再分期以及全身情况的评估，各种治疗手段前后疗效评估及肿瘤转移灶的早期探测，指导放疗准确定位，全身寻找可疑病灶的活检部位，也可用于神经、心血管疾病的评价。
PETMR其结合了PET和MRI图像，它使病变组织随着时间的推移在分子水平增殖分化的过程实现可视化，PET和MR是同步扫描，所以PETMR图像能够消除运动造成伪影，提高全身扫描图像质量，这就为对肿瘤患者监测治疗效果提供了基础。
其次是零X射线辐射，绿色环保进行疗效评估需要多次扫描，PETCT辐射剂量成为患者的一大思想顾虑，而PETMR的零X射线辐射成为其的较大优势，但是PETMR一体机成本比PETCT扫描仪更贵，但PETMR的专长则在软组织对比度，这使得它对于血管及软组织疾病更敏感。尤其是在中枢神经系统疾病、骨科感染、炎症性疾病的诊断，以及在评价和跟踪转移性疾病方面可能具有更好优势。
